Embora a Lagoa Humantay possa ser visitada durante todo o ano, a melhor época para fazê-lo é entre os meses de maio a setembro, que corresponde à estação seca na região de Cusco. Nesse período, o clima fica mais estável e as chances de chuva são menores, garantindo céu limpo e melhor visualização da lagoa e do entorno.
Por outro lado, entre novembro e março, é a estação das chuvas em Cusco, o que pode tornar a estrada mais escorregadia e a lagoa não parecer tão espetacular devido à cobertura de nuvens. Se você decidir visitar durante esse período, use roupas impermeáveis e esteja preparado para mudanças bruscas de clima.